Начало библиотеке положил сделанный Венецианской республике 31 мая 1469 года кардиналом Бессарионом дар книжного собрания, насчитывавшего 750 рукописей на латыни и древнегреческом, не считая первопечатных книг. В продолжение всего существования республики общедоступное собрание пополнялось за счёт вкладов аристократических семейств, а в начале XIX века — ещё и благодаря поступлению книг из распущенных Наполеоном монастырей.